关于农村合作医疗和职工医保重复缴费的问题，综合权威信息整理如下：

一、政策规定与制度差异

1. 参保性质不同

   农村合作医疗（新农合）是自愿参保的城乡居民医保，而职工医保是强制参保的城镇职工保险，两者属于不同制度体系。

2. 资金来源与统筹层级差异

   新农合以个人缴费、政府补贴为主，统筹层级较低（如县级）；职工医保由单位和个人共同缴费，统筹层级较高（如地市级以上），资金池规模更大。

3. 保障范围与报销比例差异

   职工医保覆盖门诊、住院等医疗费用，报销比例通常为70%-90%；新农合主要报销大病住院，门诊报销比例较低（约50%-60%）。

二、重复缴费的处理方式

1. 系统自动拦截

   全国医保系统联网后，若发现同一身份证号同时参保，系统会自动暂停新农合参保资格，重复缴费将无法成功。

2. 重复缴费的后果

   • 财务损失 ：需退还重复缴纳的费用，避免重复支出。

   • 待遇冲突 ：报销时只能选择职工医保或新农合，无法同时享受两种待遇。

3. 处理步骤

   • 确认重复缴费 ：通过医保账户查询或咨询当地社保部门核实。

   • 申请退费 ：携带身份证、医保卡、缴费凭证等材料，向社保部门提交退费申请。

   • 调整参保状态 ：退费后，系统将恢复原有参保状态，避免影响其他权益（如失业救济金期间职工医保的保留规则需参考当地政策）。

三、特殊情况说明

• 职工医保转居民医保 ：若已参加职工医保，离职或单位缴费中断后可参保新农合，但需保留职工医保记录。

• 异地参保处理 ：非本人原因重复参保的，以缴费地政策为准，可申请退费后重新参保。

四、建议

1. 优先选择职工医保 ：若符合参保条件，建议选择职工医保以获得更全面的保障。

2. 避免重复缴费 ：参保前应仔细核对参保状态，避免因信息误差导致重复缴费。

3. 保留缴费凭证 ：处理重复缴费时需提供完整证明材料，建议妥善保存缴费记录。

若发现重复缴费，请及时联系当地社保部门，避免影响医疗保障权益。