当医保查询失败并提示“该缴费人已申报”时，可能由以下原因导致，需结合具体情况处理：

一、已成功缴费

1. 缴费状态更新延迟

   若系统显示已申报，可能因网络延迟或系统延迟导致显示不准确。建议等待5-10分钟后再尝试缴费或查询。

2. 重复缴费提示

   若之前已成功缴费，再次尝试时可能因系统误判触发“已申报”提示。需联系医保机构核查缴费记录明细，确认是否为重复申报。

二、重复申报

1. 同一账户多次缴费

   若在缴费期间多次操作缴费，可能导致系统记录重复。需检查是否因网络问题或操作失误引发重复提交，联系医保部门处理退费后重新缴费。

2. 不同平台重复操作

   在不同缴费渠道（如手机APP、网页）重复提交缴费信息，可能引发系统冲突。建议暂停其他平台的缴费操作，等待1-2小时后再试。

三、其他可能原因

1. 系统故障

   若怀疑系统异常，可尝试更换网络环境或等待系统恢复。部分地区医保系统维护期间可能显示异常提示。

2. 身份信息异常

   身份证号、社保编号等关键信息输入错误，可能导致系统无法正确识别缴费状态。需核对个人信息准确性，若存在多份社保编号需联系社保局合并。

建议处理步骤

1. 登录查询

   通过医保官方APP或网站输入完整身份信息，核对缴费记录是否与银行扣款记录一致。

2. 联系客服

   若无法确认缴费状态，可通过医保机构客服电话或线下网点咨询，提供缴费凭证或身份信息核查缴费明细。

3. 避免重复缴费

   未来缴费前建议检查是否已申报，避免因操作失误引发重复缴费或退费流程。

以上情况需结合具体缴费场景判断，若涉及大额退费，建议优先联系医保经办机构处理。