吉林辽源社保基数为5900元时，扣税金额主要取决于个人应纳税所得额、税率以及速算扣除数。根据现行个人所得税法及相关政策，月收入5900元在扣除社保、专项附加扣除等后，实际应纳税所得额可能较低，甚至无需缴纳个人所得税。 以下是详细的计算方法和相关说明：

1. 1.社保扣除：社保缴费基数5900元，个人需缴纳的社保比例通常为10.5%左右（具体比例可能因地区和单位政策略有不同），即每月社保扣除约为619.5元。扣除社保后的收入为5900元-619.5元=5280.5元。
2. 2.专项附加扣除：根据现行税法，个人可享受的专项附加扣除包括子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金和赡养老人等。假设个人每月可享受2000元的专项附加扣除。扣除专项附加扣除后的应纳税所得额为5280.5元-2000元=3280.5元。
3. 3.个人所得税计算：根据个人所得税税率表，月应纳税所得额不超过3000元的部分，税率为3%。应纳税额=应纳税所得额×税率-速算扣除数。在此例中，应纳税所得额3280.5元的前3000元部分，税率为3%，即3000元×3%=90元。剩余280.5元部分仍适用3%的税率，即280.5元×3%=8.415元。总应纳税额为90元+8.415元=98.415元。
4. 4.实际扣税金额：由于计算结果为98.415元，实际操作中通常会四舍五入至98.42元。在社保基数为5900元的情况下，个人每月需缴纳的个人所得税约为98.42元。
5. 5.综合以上计算，吉林辽源社保基数为5900元时，扣除社保和专项附加扣除后，个人每月需缴纳的个人所得税约为98.42元。需要注意的是，具体的扣税金额可能会因个人实际情况（如专项附加扣除项目及金额不同）而有所变化。建议个人根据自身情况，结合最新的税收政策，进行详细的税务筹划和计算，以确保准确了解自己的纳税义务。

通过以上分析，可以看出在当前税收政策下，合理的税务筹划和专项附加扣除的充分利用，可以有效降低个人的税负。