吉林社保基数9800元和5000元的主要区别体现在‌缴费金额、福利待遇和养老金水平‌三个方面。选择较高基数意味着每月缴纳更多社保费用，但未来可享受更高的医疗报销比例和养老金待遇；而较低基数虽然当前缴费压力小，但长期保障水平相对有限。以下是具体差异分析：

1. ‌缴费金额差异‌
   按9800元基数计算，个人每月养老保险缴费为基数的8%（784元），医疗保险缴费为2%（196元）；而5000元基数对应的养老保险缴费为400元，医疗保险缴费为100元。两者仅养老保险单项月缴费差额就达384元。

2. ‌医保报销待遇区别‌
   高基数参保者享受更高的医保个人账户划拨比例（如35岁以下按3.2%计算，9800元基数每月入账313.6元，5000元基数仅160元），且部分城市对高基数参保人提供特需门诊报销等附加权益。

3. ‌养老金计算影响‌
   养老金计算公式中，缴费基数直接决定个人账户积累额和指数化工资。假设缴费30年，9800元基数退休后月养老金可能比5000元基数高出约2000元（按现行计发系数估算）。

4. ‌工伤失业待遇关联‌
   工伤保险的一次性伤残补助金、失业保险金发放标准均与缴费基数挂钩。例如十级伤残补助金为7个月基数工资，9800元基数可获68600元，5000元基数仅35000元。

特别提示：灵活就业人员可自主选择60%-300%的基数档位，但企业职工必须按实际工资申报。建议根据‌短期经济承受能力‌和‌长期保障需求‌综合权衡，经济允许时优先选择较高基数以强化未来保障。