参保单位或零售药店申请医保双通道资格需满足连续经营三年以上、营业面积达标、专业药师配备齐全等基础条件，2025年最新申请流程包含五个核心步骤。

一、资质审查与材料准备

1. 主体资格验证：营业执照需包含药品零售业务范围，且经营场所符合《药品经营质量管理规范》要求，单体药店面积不低于80平方米（社区药店可放宽至50平方米）
2. 人员配置要求：每家门店须配备2名以上注册执业药师，且每日至少1名在职在岗，特殊药品经营需额外配备冷链管理专员。
3. 申报材料清单：包括《双通道药店申请表》、近三年无违规经营承诺书、药师执业资格证书、药品进销存管理系统对接证明等9项核心文件。

二、线上线下双渠道申报

1. 线上通过省级医保公共服务平台提交电子材料，系统自动校验证照有效期等基础信息
2. 线下向属地医保经办机构递交加盖公章的纸质材料，需特别注意《特殊药品储备目录》需单独用红色文件夹装订提交。

三、分级审核与现场验收

1. 初审环节（5个工作日内完成）：重点核查证照齐全性、药师配备数量等硬性指标
2. 复审阶段（10-15个工作日）：由医保、卫健、药监三部门联合开展，现场查验药品储存条件、信息系统对接稳定性、处方流转系统操作流程。

四、系统对接与协议签订
通过审核的药店需在20个工作日内完成与国家医保信息平台的直连对接，重点测试电子处方流转、药品追溯码核销、异地结算三大功能模块，验收合格后签订为期2年的服务协议。

五、动态管理与年度评估
实行百分制量化考评体系，重点监测药品供应率（需达95%以上）、处方审核准确率（要求100%）、患者满意度（85分及格）三大指标，连续两年考评末位的将启动退出机制。

建议申请前通过省级医保局官网下载最新版《双通道药店服务能力评估表》先行自评，特别注意2025年起新增的"罕见病药品专区温度监控数据实时上传"要求。药店信息系统改造建议优先选择与省级医保平台有对接经验的软件服务商，可缩短30%以上的调试周期。