内蒙古通辽社保基数12500元的情况下，个人所得税的扣税金额主要取决于具体的税率和各项扣除项。根据现行的税收政策，税前扣除包括社保、公积金等费用后，实际应税收入会有所减少，从而影响最终的税额。以下是详细的计算和解释：

1. 1.社保和公积金扣除：社保和公积金的缴纳比例因地区和单位而异，但通常包括养老保险、医疗保险、失业保险和住房公积金等。以通辽市为例，假设社保和公积金的总扣除比例为20%，则12500元的社保基数中，扣除的社保和公积金金额为12500元×20%=2500元。扣除后的应税收入为12500元-2500元=10000元。
2. 2.个人所得税计算：根据中国现行的个人所得税税率表，应税收入10000元适用的税率为10%，速算扣除数为210元。应纳税额=应税收入×税率-速算扣除数=10000元×10%-210元=790元。
3. 3.专项附加扣除：如果个人有符合条件的专项附加扣除，如子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金和赡养老人等，可以在应税收入中进一步扣除。假设有2000元的专项附加扣除，则新的应税收入为10000元-2000元=8000元。新的应纳税额=8000元×10%-210元=590元。
4. 4.最终税额：综合考虑社保、公积金和专项附加扣除后，最终的个人所得税税额为590元。需要注意的是，具体的扣除项目和比例可能因个人情况而异，建议根据实际情况进行详细计算。

总结来说，内蒙古通辽社保基数12500元的情况下，扣除社保、公积金和专项附加扣除后，个人所得税的税额大致在590元左右。了解这些扣税细节有助于更好地规划个人财务，确保合理纳税。