内蒙古包头社保基数9800和5000的主要区别在于缴费金额、养老金待遇以及医保报销额度等方面。

1. 缴费金额：社保基数9800相较于5000，在同等缴费比例下，个人和单位所需缴纳的费用都会更高。例如养老保险个人缴纳比例为8%，若基数是9800，则个人每月需缴纳9800×8% = 784元；若基数是5000，个人每月缴纳5000×8% = 400元。单位承担的部分同理，基数高时缴纳的也更多。
2. 养老金待遇：养老金的计算与缴费基数密切相关。一般来说，缴费基数越高、缴费年限越长，退休后领取的养老金就越多。当社保基数为9800时，由于缴费金额较高，个人账户积累的资金相对较多，在退休计算养老金时，能获得更高的养老金待遇。比如基础养老金和个人账户养老金的计算都会因基数不同而有所差异，整体上9800基数对应的养老金会比5000基数的要高。
3. 医保报销额度：部分医保报销政策与社保缴费基数挂钩。以较高的基数9800缴纳社保，在一些地区可能享受更高的医保报销上限或者更广泛的报销范围。例如某些大病保险的起付线和封顶线可能会根据缴费情况有所不同，9800基数对应的保障水平相对更优，在遇到大额医疗费用支出时，能够减轻参保人的负担。

内蒙古包头社保基数9800和5000存在多方面区别，缴费基数高意味着当下缴费多，但未来能享受到更好的养老保障和医疗保障等福利。参保人可根据自身经济状况和对未来保障的需求来选择适合自己的缴费基数。