如果医保基数报错且已发生扣款，需尽快通过以下步骤处理：

一、确认错误类型与时间范围

1. 核对缴费基数与工资记录

   仔细比对申报基数与实际工资单、银行流水等材料，确认错误发生的时间段。

2. 了解地区政策差异

   不同地区对报错后的处理方式可能不同，例如：

   • 覆盖更正 ：部分城市允许重新申报覆盖原数据（如宜昌）；

   • 补差或退费 ：企业可下次缴费时补差，或提供离职证明申请退费。

二、收集证明材料

准备以下材料协助审核：

• 工资单 ：显示实际薪资与申报基数的差异；

• 银行流水 ：佐证工资发放情况；

• 劳动合同 ：明确薪资结构及工时信息。

三、提交更正申请

1. 联系社保部门

   通过当地社保经办机构（如12333、官网或线下窗口）提交更正申请，说明错误原因及证明材料。

2. 在线操作（部分地区适用）

   例如上海允许单位通过“上海市人力资源和社会保障自助经办系统”调整缴费基数。

四、审核与处理流程

1. 社保部门审核

   社保部门收到申请后，将审核提交的材料，确认报错真实性。

2. 处理结果

   • 更正成功 ：多缴费用将退还，后续缴费将按正确基数执行；

   • 申请被驳回 ：若证据不足或不符合规定，可能要求补充材料。

五、注意事项

• 时效性 ：建议在发现错误后2-3个月内处理，避免影响个人信用记录；

• 地区差异 ：具体操作流程可能因地区政策不同存在差异，建议提前咨询当地社保部门。

若超过规定时间未处理，可能需承担滞纳金或影响个人社保待遇，因此建议尽快行动。