连云港医保在南京就医可以报销，但需要提前办理异地就医备案手续。异地就医备案成功后，参保人可在南京的定点医疗机构通过医保直接结算，仅需支付个人承担部分费用，其余费用由医保基金支付。

一、异地就医备案的重要性

1. 备案类型：根据参保人的情况，可办理异地安置退休人员备案、异地长期居住人员备案、常驻异地工作人员备案、异地转诊人员备案或临时外出就医人员备案。
2. 备案流程：参保人需携带相关材料至参保地医保经办机构申请备案，或通过医保服务平台线上办理。

二、报销方式

1. 直接结算：备案后，在南京的联网定点医疗机构就医可直接刷卡结算，医保报销部分自动完成。
2. 手工报销：未能在南京直接结算的，可回连云港医保经办机构提交费用清单、发票等材料，申请手工报销。

三、备案所需材料

1. 身份证明：如身份证、医保卡等。
2. 备案表：根据备案类型准备相应的备案表。
3. 其他材料：如转诊证明、居住证明等（具体要求视备案类型而定）。

四、注意事项

1. 备案有效期：异地就医备案有效期为6个月或1年，需及时续办。
2. 报销范围：仅限符合医保报销目录内的医疗费用。
3. 就医限制：需选择南京的医保定点医疗机构，非定点医院就医可能无法报销。

五、温馨提示

如需进一步了解备案流程或报销政策，可咨询连云港市医疗保障局或江苏省医疗保障局，确保就医报销顺利。