根据相关法律法规和搜索结果，合作医疗报销后再走工伤程序是可行的，但需注意以下要点：

一、两者性质与适用范围

1. 合作医疗 ：属于基本医疗保险，主要用于报销因疾病或意外产生的医疗费用，属于 疾病保障体系 。

2. 工伤赔偿 ：针对因工作原因受到的伤害或职业病，由工伤保险基金或用人单位支付医疗费用、伤残津贴等，属于 劳动保障体系 。

二、报销与工伤认定的关系

1. 不冲突可并行

   合作医疗报销与工伤认定属于不同保障体系，可同时进行。职工可先申请工伤认定，再通过合作医疗报销医疗费用。

2. 避免重复报销

   已经通过合作医疗报销的费用，通常不会在工伤赔偿中重复支付。例如，某项医疗费用若已报销70%，工伤赔偿时只需补足剩余30%。

三、操作建议

1. 及时申请工伤认定

   用人单位或职工需在事故发生后30日内向劳动保障部门提交工伤认定申请，提供事故证明、医疗诊断证明等材料。

2. 保留报销凭证

   所有医疗费用报销凭证（如发票、费用明细）均需留存，作为工伤赔偿的依据。

3. 关注赔偿范围差异

   工伤赔偿范围更广，包括医疗费、伤残津贴、停工留薪期工资等，而合作医疗仅覆盖医疗费用。需确保所有应得赔偿均通过合法途径主张。

四、特殊情况说明

• 未缴工伤保险 ：若用人单位未依法缴纳工伤保险，工伤费用由用人单位承担；若用人单位不支付，工伤保险基金可先行赔付。

• 农村合作医疗 ：工伤事故不适用农村合作医疗保险报销，需通过工伤保险或用人单位索赔。

合作医疗报销后仍可走工伤程序，但需注意两者保障范围不重叠，且已报销费用通常不再重复赔偿。建议及时申请工伤认定并按法定程序维权。