农村合作医疗可报销药品以国家基本药物目录为基础，主要涵盖甲类（全额报销）和乙类（部分自付）药品，2025年新增91种药品后目录总数达3159种，重点覆盖肿瘤、慢性病及罕见病用药，且报销比例向基层医疗机构倾斜（乡镇卫生院最高可达90%）。
甲类药品包括临床必需、价格低廉的西药和中成药，如抗生素、降压药等，费用全额纳入报销；乙类药品如部分进口药需个人先自付20%，剩余部分按比例报销。中药饮片需复方使用方可报销，单味使用或滋补类药材（如冬虫夏草、燕窝）不予报销。2025年新增药品平均降价63%，包括26种肿瘤用药和15种糖尿病用药，进一步减轻患者负担。
报销分三级执行：村级仅限国家基本药物，乡级可增加少量非基本药物，县级及以上包含全部基本药物和疑难重症用药。基层医疗机构（村卫生室、乡镇卫生院）报销比例最高，大医院需转诊手续否则比例降低。特殊病种（如恶性肿瘤化疗、肾透析）门诊用药按住院标准报销。
注意以下情况不报销：非目录内药品（如美容、减肥药）、非定点机构购药、未备案的异地就医费用。建议优先选择甲类药并保留处方单据，慢性病患者可办理门特备案以提升报销额度。
合理利用合作医疗需掌握“小病基层、大病转诊、慢性病备案”原则，结合年度调整目录动态优化用药选择，最大限度降低医疗支出。
