病理性REM睡眠的治疗需要综合药物治疗与非药物干预，包括使用抗抑郁药物、行为疗法以及改善生活习惯等手段来缓解症状并试图达到彻底根除的目的。
药物治疗是病理性REM睡眠管理的重要组成部分。医生可能会推荐患者使用抗抑郁药物，例如帕罗西汀或舍曲林，这些药物有助于减少REM睡眠中的肌肉松弛和呼吸不规则等症状。对于REM睡眠行为障碍（RBD），氯硝西泮和即释褪黑素也被建议作为特定的治疗药物。针对发作性睡病伴有猝倒的患者，文拉法辛、氟西汀、阿莫西汀等抑制REM睡眠的药物可能是一线选择。
非药物治疗方法同样重要，认知行为疗法（CBT）可以帮助患者识别和改变不良的睡眠习惯和思维方式，从而改善REM睡眠障碍的症状。比如，通过建立规律的睡眠时间表，避免过度使用咖啡因和酒精等刺激性物质，放松身心等方式，可以有效减少REM睡眠期间的问题。生物反馈疗法则是一种利用现代生理科学仪器将与REM睡眠有关的生理信号反馈给患者，以帮助患者自我调节REM睡眠的方法。经颅磁刺激治疗也是一种物理治疗方法，它可以改善患者的睡眠质量，缩短入睡所需的时间，并缓解患者的症状。
调整生活方式也是治疗过程中不可或缺的一环。这包括保持良好的作息规律，确保充足的睡眠时间，创造一个有利于睡眠的环境，如降低噪音水平、控制房间温度等。避免在临近睡觉前进行剧烈运动或者摄入大量食物，以免影响睡眠质量。心理支持和社会互动也能起到积极作用，帮助患者减轻焦虑情绪，提高应对疾病的能力。
值得注意的是，虽然上述方法可以在一定程度上缓解病理性REM睡眠的症状，但要完全根治这种复杂的病症往往需要长期的努力和个性化的治疗方案。患者应当与医生紧密合作，根据自身具体情况制定合适的治疗计划，并定期评估治疗效果以便及时调整治疗策略。通过多方面的综合治疗措施，可以显著改善病理性REM睡眠患者的睡眠质量和生活质量。
