南京市医保在南通使用需根据参保人员类型和就医地政策进行不同处理，具体分为以下几种情况：

一、异地长期居住人员

1. 办理备案

   需向南京市医保中心提交《南京市城镇职工基本医疗保险长期驻外地人员登记表》，并提供居住证或居住证明，选择1-6家一级及以上定点医疗机构为长期定点医疗机构。

2. 就医结算

   完成备案后，长期居住南通期间在指定医疗机构就医可享受直接结算，门诊、住院等费用可按南京医保政策报销。

二、异地安置退休人员

1. 备案要求

   退休后户籍迁入南通并长期居住的人员，需办理异地联网直接结算备案。

2. 结算方式

   回南京就医时，可通过单位经办人员网上备案或线下医保窗口办理备案手续，医疗费用由南京医保直接结算。

三、临时异地就医（如急诊）

1. 直接结算

   南通参保人员因突发疾病在异地急诊就医时，可凭定点医疗机构上传的“急诊”标识，按南京医保政策直接结算费用。

四、其他注意事项

1. 市民卡使用限制

   南京市民卡目前不支持在南通直接刷卡使用医保功能，需通过上述备案流程办理异地就医。

2. 电子医保卡功能

   南京电子医保卡仅限本地就医购药使用，异地就医需通过备案程序。

3. 政策咨询

   具体办理流程和材料可咨询南京市医保中心（0510-12333）或南通市医保中心，部分地区支持线上办理。

建议根据自身情况选择合适的备案方式，确保就医时医疗费用可及时报销。