关于合作医疗在两个地方重复缴费的退款问题，需根据具体情况处理，具体规则如下：

一、重复缴费的认定与处理原则

1. 政策规定

   新农合（新型农村合作医疗）属于农民医疗互助性质， 同一参保人只能参加一个参保地的新农合 ，不存在重复缴费的资格。若因网络、系统故障等原因导致重复缴费，需提供参保证明申请退费。

2. 退费原则

   • 参保地优先 ：重复缴费部分一般由 先参保地 办理退费，后续参保地需配合核查。

   • 避免双重报销 ：退费后，后续参保地需通过医保系统核销，防止重复报销。

二、具体退费方式

1. 线下办理

   • 携带身份证、缴费凭证到 参保地医保大厅 提交申请，提供参保证明（如缴费记录、发票等）。

   • 若因他人代缴重复缴费（如微信、银行代扣），需提供缴费记录单。

2. 线上办理

   • 通过当地医保官方APP（如“阜阳医疗保障”微信公众号）提交退费申请，需符合当地系统操作流程。

三、注意事项

1. 时间限制

   • 部分地区对退费有时间限制，例如阜阳市规定2021年度退费截止日期为2021年2月28日，需关注当地医保部门通知。

2. 特殊情况处理

   • 若重复缴费未得到及时处理，可联系医保部门核实缴费记录，避免因滞纳金影响退费。

   • 不同地区医保政策存在差异，建议优先咨询参保地医保部门，避免因政策差异导致退费失败。

四、法律依据与建议

• 法律依据 ：《中华人民共和国社会保险法》规定，社会保险费实行统筹账户和个人账户管理，重复缴费属于违规行为，但可通过正规渠道申请退返。

• 建议 ：发现重复缴费后，尽快联系参保地医保部门，提供完整证明材料，避免影响个人医保待遇。若对退费流程有疑问，可拨打当地医保热线咨询。