南京药店申请医保的流程可分为以下步骤，综合多个信息源整理如下：

一、申请资格要求

1. 基本资质

   需具备《药品经营许可证》《营业执照》等有效证件，且营业执照需与法人身份证保持一致。

2. 经营要求

   • 正常经营时间需满3个月。

   • 需执行国家药品价格政策，通过物价部门监督检查。

3. 其他条件

   • 药店需配备执业药师在岗。

二、申请材料准备

需提交以下材料：

1. 基础文件

   • 法人身份证原件及复印件。

   • 营业执照、税务登记证原件及复印件。

   • 药品经营许可证原件及复印件。

2. 申请表与账户

   • 医保刷卡申请表。

   • 医保账号（通常为中国农业银行）。

   • 银行账号（用于医保基金结算）。

三、申请流程

1. 提交申请

   将准备好的材料提交至南京市医疗保障局或当地医保经办机构。

2. 审核评估

   医保部门对材料进行审核，可能包括实地考察药店的药品库存、管理制度、营业场所等。

3. 结果公示

   审核结果会在当地医疗保障局官网或微信公众号公示，公示期通常为10天。

4. 签订协议

   公示无异议后，医保经办机构与药店签订《医保定点服务协议》，药店需遵守相关管理规定。

四、后续事项

1. 医保POS机安装

   完成协议签订后，需安装医保POS机并完成联网调试，方可使用医保刷卡服务。

2. 参保人员绑定

   药店需为参保人员办理医保绑定手续，参保人持身份证到药店办理医保卡。

3. 定期复审

   定点药店需定期接受医保部门的复审，包括药品质量、服务规范等检查，确保持续符合医保要求。

注意事项

• 具体材料清单及流程可能因南京市最新政策调整，建议提前电话咨询当地医保部门（如南京市医疗保障局）。

• 若药店涉及特殊服务（如慢性病用药管理），需额外提交相关证明材料。

以上流程综合了南京市医保政策及一般流程，具体以实际办理机构要求为准。