针对2025年内蒙古阿拉善盟地区肩膀疼痛伴头痛的就医推荐如下：

一、综合医院推荐

1. 阿拉善盟中心医院

   • 科室优势 ：神经内科是重点科室，擅长处理偏头痛、眩晕等神经系统相关疾病，可能对因治疗肩膀疼痛伴头痛有帮助。

   • 地址 ：阿拉善左旗新城东区雅布赖东路。

2. 阿拉善左旗蒙医医院

   • 科室特色 ：蒙医科结合传统蒙医理论与现代医学，对神经类疼痛有独特诊疗方案，适合考虑蒙医治疗的患者。

   • 地址 ：阿拉善左旗健康街。

二、其他相关医院信息

• 阿拉善右旗蒙医医院 ：二级综合医院，蒙医科提供相关诊疗服务。

• 阿拉善右旗巴丹吉林镇医院 ：二级综合医院，但搜索信息较少，需进一步确认科室设置。

三、就医建议

1. 优先选择综合医院 ：神经内科或蒙医科更可能提供针对性检查（如MRI、脑电图等）和多学科会诊。

2. 结合症状评估 ：若疼痛与情绪、压力相关，可优先考虑神经内科；若倾向传统蒙医理论，蒙医医院更合适。

3. 提前预约 ：部分医院（如阿拉善盟中心医院）需提前电话预约，建议通过医院官网或电话确认。

建议根据具体疼痛特点（如持续时间、伴随症状等）初步判断，并结合医院科室设置和患者评价选择就医机构。