医保刷卡不等于合作医疗，但二者有交集。医保刷卡指使用社保卡（含医保功能）结算医疗费用，覆盖职工医保、居民医保等所有医保类型；合作医疗（新农合）仅是农村居民医保的一种形式，现已并入城乡居民医保体系。关键区别在于：①覆盖人群不同（职工vs农村居民）、②筹资方式不同（单位+个人缴费vs政府补贴+个人缴费）、③报销范围不同（职工医保待遇通常更高）。
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医保刷卡是医保结算的通用方式，无论职工医保还是城乡居民医保（含原新农合）均可通过社保卡实现即时报销。合作医疗（新农合）作为历史概念，2016年后已整合为城乡居民医保的一部分，不再单独存在。
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职工医保由用人单位和职工共同缴费，报销比例较高且通常含个人账户；原新农合则针对农村居民，由政府财政补贴为主，报销范围和比例相对较低，整合后仍保留农村居民参保优惠政策。
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刷卡结算时，系统自动识别参保类型。农村居民持社保卡就诊时，若参加的是城乡居民医保（含原新农合），则按对应政策报销，与职工医保的刷卡流程相同，但实际报销金额可能差异较大。
医保刷卡与合作医疗的关系本质是“工具”与“制度”的区别。如今所有医保参保人均可使用社保卡，但具体待遇取决于参保类型，农村居民需注意当地城乡居民医保政策是否保留特殊补贴。
