根据2025年新疆医保政策，灵活就业人员（新星医保）在三甲医院治疗费用是可以报销的，但报销比例和起付标准有所调整，具体如下：

一、报销比例标准

1. 住院费用报销比例

   • 职工医保 ：报销比例一般为60%-80%，其中基本医疗保险报销50%-70%，补充医疗保险报销10%-30%。

   • 灵活就业人员医保 ：报销比例与职工医保一致，但需注意个人缴费基数和年限要求。

2. 特殊病种报销比例

   • 特殊病种医疗费用报销比例一般为80%-90%，具体标准因地区政策调整可能不同。

3. 门诊费用报销比例

   • 普通门诊 ：无起付线，按60%比例报销，年度个人最高支付限额为400元。

   • 重症门诊 ：部分城市（如乌鲁木齐）对重症门诊实行70%报销比例。

二、起付标准与报销限额

1. 三级医院

   • 起付标准为659元，报销比例50%，上限2000元。

   • 若自费超过2000元，超出部分按50%报销。

2. 二级医院

   • 起付标准300元，报销比例55%。

3. 一级医院

   • 不设起付标准，报销比例60%。

三、其他注意事项

1. 床位费报销

   • 三甲医院床位费医保可报销，但超出规定高级病床或包间式病床的部分需自费。

2. 异地就医

   • 异地就医直接结算范围扩大，需通过医保定点医院就医并备案。

3. 年度限额

   • 住院累计报销上限为30万元，门诊统筹基金年度个人最高支付限额为400元。

四、报销流程

1. 准备材料：身份证、医保卡、就诊卡、病历本、费用清单等。

2. 选择定点医院就医并备案。

3. 符合条件的费用由医保基金按比例报销，个人自付部分需自行承担。

以上信息综合了2025年新疆医保政策调整内容，具体执行以当地最新规定为准。