公司缴纳的五险（含医疗保险）与城乡居民医疗保险存在以下冲突和注意事项：

一、政策定位与覆盖范围冲突

1. 参保对象不同

   • 五险覆盖城镇职工，由单位及个人共同缴纳，适用于企业员工。

   • 城乡居民医疗保险（新农合）覆盖农村及非从业居民，由政府主导，个人缴费较少。

2. 缴费标准差异

   • 五险中的医疗保险由单位按职工工资的一定比例缴纳（如单位6%-12%），个人仅缴纳小部分。

   • 城乡居民医疗保险的缴费额度通常较低，且每年需主动缴费。

二、待遇享受冲突

1. 报销渠道互斥

   • 参保人只能选择其中一种医疗保险进行医疗费用报销，不能同时享受两种待遇。

   • 若已参加五险，则需停止城乡居民医疗保险；反之亦然。

2. 报销比例差异

   • 五险中的医疗保险报销比例通常高于城乡居民医疗保险，但城乡居民医疗保险的起付线、封顶线等保障水平较低。

三、缴费与待遇衔接问题

1. 灵活就业人员选择权

   • 若已就业并参加五险，需停止城乡居民医疗保险；若离职后重新就业，可重新参保。

   • 未就业人员可选择参加城乡居民医疗保险或五险，但需注意缴费年限和待遇衔接问题。

2. 户籍与缴费冲突

   • 户口为农业/非从业居民需同时缴纳城乡居民医疗保险，但无法享受五险。

四、建议与注意事项

• 优先选择五险 ：若已就业，建议优先参加单位缴纳的五险，其医疗保障更全面。

• 避免重复参保 ：若之前缴纳过城乡居民医疗保险，建议咨询当地社保部门，了解是否可以暂停或转移。

• 政策咨询 ：不同地区对社保政策存在差异，建议通过当地社保部门或法律咨询机构确认具体规定。

五险与城乡居民医疗保险在参保对象、待遇标准等方面存在本质差异，需根据自身参保状态选择适合的医疗保障方式。