公司缴纳的社保与农村医保存在冲突，具体表现如下：

一、医疗保险的排他性

1. 职工医保与新型农村医保不可同时享受

   根据我国社保政策，职工医保（属于社会保险）与新型农村医保（属于新型农村合作医疗）是两种不同的医疗保障体系，参保人员只能选择其中一种。已就业人员由单位缴纳职工医保后，需放弃新型农村医保。

2. 报销时只能选择一种

   若同时参保，医疗费用需向其中一种保险报销，不能重复享受。例如，在城市就医时只能用职工医保报销，在农村就医则需用新农合报销。

二、政策依据与法律依据

• 《社会保险法》第七条规定 ：国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度，其中基本医疗保险分为城镇职工基本医疗保险和城乡居民基本医疗保险（含新型农村合作医疗）。

• 社保法明确禁止重复参保 ：社会保险法规定，职工应当参加职工医保，未就业人员参加城乡居民医保，二者在参保对象和待遇上存在本质区别。

三、实际操作中的注意事项

1. 户籍与就业状态的影响

   • 农村医保通常与户籍挂钩（如新农合），而职工医保与就业状态相关。若已就业则需参加职工医保，户籍仍为农村则需继续参加新农合。

   • 若户籍在农村但已就业，建议咨询当地社保部门，部分地区允许灵活就业人员选择参保方式。

2. 报销比例与待遇差异

   新农合的报销比例通常低于职工医保，且存在年度限额。职工医保的报销范围更广，包括门诊、住院等更多项目。

3. 多地参保的解决策略

   若因工作调动等原因在农村和城市均参保，需根据就医地政策选择报销渠道。部分地区可能通过协商解决，但需提前咨询当地社保部门。

四、建议方案

• 已就业人员 ：优先选择职工医保，放弃新农合。

• 未就业或户籍在农村人员 ：可继续参加新农合，但需停止职工医保。

• 特殊情况 ：若需同时满足参保条件，可咨询当地社保部门了解灵活参保政策。

公司缴纳的社保与农村医保在参保对象和待遇上存在本质冲突，需根据自身情况选择适合的医疗保障方式。