根据相关政策和规定，企业职工医疗保险断缴两年的处理方式如下：

一、补缴方式与条件

1. 单位补缴

   若职工与单位仍存在劳动关系或单位愿意协助，单位可向当地社保机构提交补缴申请，需提供劳动合同、工资单等证明材料。社保机构审核通过后，单位需缴纳补缴费用及滞纳金，补缴后医保待遇即刻恢复。

2. 个人补缴

   • 离职后个人参保 ：若已离职且单位无法补缴，需携带身份证、社保卡等材料到当地社保机构办理补缴。个人需承担全部费用及滞纳金，补缴后医保待遇恢复，但补缴前产生的医疗费用需自行承担。

   • 灵活就业人员参保 ：未就业或不想以灵活就业人员身份参保的，可参加常居地或户籍所在地的城乡居民医保，避免医保断缴。

二、特殊情况处理

• 失业或疾病导致断缴 ：可向社保机构申请特殊补缴政策，具体需提供相关证明材料，流程因地区而异。

• 转移接续情况 ：在转移接续前中断缴费3个月（含）以内的，可按转入地规定补缴，补缴后不设待遇等待期，中断期间待遇可追溯享受。

三、注意事项

1. 缴费年限计算 ：补缴后缴费年限可合并计算，但补缴前产生的医疗费用需由用人单位承担。

2. 退休影响 ：若断缴导致累计缴费年限不足25年（实际缴费年限不足5年），退休时将无法享受医保待遇。

3. 及时咨询 ：各地政策存在差异，建议通过当地社保机构或官方渠道确认具体补缴流程及待遇恢复条件。

四、建议流程（以单位补缴为例）

1. 单位提交补缴申请及证明材料至社保机构；

2. 社保机构审核通过后，单位缴费并生成补缴单据；

3. 职工持补缴单据到银行缴费，缴费后医保待遇恢复。

通过以上方式，企业职工可在断缴两年后恢复医保待遇，建议尽早办理补缴以减少医疗费用自费风险。