根据相关政策和搜索结果，关于公司社保和农村医保重复缴纳的处理方式如下：

一、重复缴费的认定与核实

1. 确认重复缴费

   首需通过以下方式确认是否重复缴费：

   • 查询个人医保账户明细

   • 咨询当地社保部门或医疗保障机构

   • 查看缴费记录是否存在同一时间段内重复缴费记录

2. 提供证明材料

   若确认重复缴费，需准备身份证、医保卡、缴费凭证等材料申请退费

二、处理方式

1. 保留职工医保，停缴农合

   • 适用场景 ：长期在城市工作，职工医保报销范围更广，建议保留职工医保

   • 操作步骤 ：

     • 带社保卡到村委会办理农合停保手续

     • 确认职工医保缴费年限满足退休条件

2. 选择保留农合，停缴职工医保

   • 适用场景 ：长期在农村务农或自由职业，新农合可提供基本医疗保障

   • 操作步骤 ：

     • 停止职工医保缴费

     • 确认新农合参保状态正常

三、特殊情况处理

• 退休规划 ：若以职工身份退休，可将农保退掉，职工医保缴费年限累计计算；若以农民身份退休，则需将职工社保转入新农保

• 报销冲突 ：若同时参保，医疗费用需选择其中一种保险报销，不可同时享受

四、注意事项

• 地区政策差异 ：退费金额和流程可能因地区不同存在差异，需咨询当地社保部门

• 避免白交 ：发现重复缴费后应及时处理，避免长期重复缴费导致财务损失

建议根据自身实际情况（如就业地、家庭医疗需求等）选择保留哪种保险，并及时办理相关手续。