根据深圳医保政策，三档医保门诊1000元年度额度用完后，超出部分需自费。具体说明如下：

一、年度额度管理规则

1. 额度标准

   深圳三档医保门诊年度报销额度为 1000元 （2023年改革后标准，按上年度在岗职工年平均工资的1.5%计算，2023年约为2333元）。

   若连续两个医保年度未使用完额度，第三年将恢复初始1000元限额。

2. 额度使用范围

   仅限在选定的社康中心门诊就医时使用，包括普通门诊、检查、开药等费用。

3. 年度清零机制

   每个医保年度（1月1日-12月31日）结束后，未使用的额度将清零，次年重新计算。

二、超出额度的处理方式

1. 自费支付

   超出1000元的部分需全额自费，后续门诊费用需通过其他方式解决（如转至一档社保或自费）。

2. 大病住院的特殊情况

   若在额度用完前发生住院，仍可按二档报销比例（90%）报销，但需在指定社康中心就医。

三、其他注意事项

• 个人账户余额 ：若个人账户资金不足，普通门诊费用仍需自费，但住院费用仍可报销。

• 政策调整 ：门诊报销比例和年度限额可能随政策调整，建议通过医保局官网或官方APP查询最新细则。

建议参保人关注医保年度结束前的医疗费用结算，避免因额度不足影响就医。若需提高报销能力，可考虑转为更高档次的社保。