合作医疗住院费用是否可以报销，需根据参保类型、就医地点及当地政策综合判断，具体说明如下：

一、报销前提条件

1. 参保状态 ：需为在有效期内参保人员，未参保则无法报销。

2. 就医地点 ：

   • 部分地区支持异地就医直接结算（如深圳需回户籍地报销）；

   • 多数地区需先垫付费用后回参保地报销。

3. 医院等级 ：需在医保定点医疗机构就诊，不同等级医院报销比例不同。

二、报销比例标准

1. 住院报销比例 （以镇级、二级、三级医院为例）：

   • 镇级卫生院：60%

   • 二级医院：40%

   • 三级医院：30%

   • 部分地区三级医院可达50%（如深圳）。

2. 门诊报销比例 （不同级别医疗机构）：

   • 村级卫生院：60%

   • 镇级卫生院：40%

   • 二级医院：30%

   • 三级医院：20%。

三、报销流程

1. 垫付费用 ：在异地定点医院住院时，费用由参保人垫付。

2. 提交材料 ：出院后携带转诊证明、新农合证明、住院发票等材料回参保地报销。

3. 审核与赔付 ：社保部门审核后按比例报销，多退少补。

四、注意事项

1. 异地结算政策 ：部分城市（如深圳）需先自费后报销，具体以当地规定为准。

2. 起付标准 ：门诊和住院均设有起付金额（如200元/次、800元/次），超过部分方可报销。

3. 年度限额 ：每人每年累计报销金额有上限，超过部分需自费。

4. 特殊情况 ：未参保人员、退休人员等特殊群体需咨询当地社保部门。

五、补充说明

• 新农合参保时间 ：通常次年1月1日生效，当年医疗费用需次年报销。

• 代办要求 ：无法亲自办理时，需提供亲属关系证明。

建议办理前通过当地医保部门或官方APP确认最新政策，避免因政策差异影响报销。