肝内胆管结石的形成原因主要包括以下几点：

1. 胆道感染：细菌感染是肝内胆管结石形成的重要原因。胆道感染时，细菌产生的酶会使胆汁中的结合胆红素水解为非结合胆红素，与钙结合形成胆红素钙沉淀，进而形成结石。

2. 胆道寄生虫：寄生虫感染如胆道蛔虫病和中华分支睾吸虫感染，也会导致肝内胆管结石的形成。寄生虫的尸体、虫卵等可作为核心，胆汁中的成分围绕其沉积，形成结石。

3. 胆汁淤滞：胆汁淤滞是肝内胆管结石形成的必要条件。胆道狭窄、胆道阻塞等原因导致胆汁流动受阻，胆汁中的成分容易沉积并形成结石。

4. 胆管解剖变异：胆管解剖结构异常，如左肝管汇入肝总管的弯曲度较大，导致胆汁流出不畅，胆汁处于相对滞留状态，更易于促进结石形成。

5. 营养不良：低蛋白饮食会导致β-葡萄糖醛酸酶的抑制药水平下降，增加胆色素的降解和胆色素钙结石的形成。

6. 生活习惯不良：长期高脂、高糖饮食，缺乏运动，喝水少等，会影响胆汁代谢与排泄，增加结石形成的风险。

7. 胆汁成分异常：胆汁中胆固醇、胆色素、钙等成分比例失调，如胆固醇过饱和，容易析出结晶，形成结石。

8. 胆道狭窄或畸形：先天性胆道发育异常或后天因炎症、手术等导致胆管狭窄，会使胆汁流出不畅，易在局部淤积，增加结石形成的几率。

这些因素相互作用，共同导致了肝内胆管结石的形成。预防肝内胆管结石需要注意饮食卫生，避免感染寄生虫，改善生活习惯，定期体检等。一旦发现肝内胆管结石，应及时就医，根据具体情况采取相应的治疗措施。