巨输尿管症的治疗方法主要包括药物治疗、手术治疗以及并发症的针对性处理。

1. 药物治疗：对于部分巨输尿管症，尤其是原发性返流性巨输尿管症，在新生儿及婴儿阶段，如果病情允许，可先尝试药物控制。药物主要用于预防尿液逆流，减少尿频、尿急症状，并帮助缓解炎症等不适。药物治疗往往只能暂时控制症状，无法根治疾病，且长期效果有限。

2. 手术治疗：手术是治疗巨输尿管症的主要方法。常见的手术方式包括肾盂输尿管重建术，即将扩大部分的输尿管切除，并将健康的输尿管或人工材料连接到肾盂，以恢复正常的尿液流动。还有支持性手术，通过在膀胱或输尿管周围植入支架来提供支撑，以纠正尿液流动问题。对于梗阻性巨输尿管症，还需根据具体情况选择相应的手术方式，如后尿道瓣膜切除、神经原性膀胱的药物治疗等。重复输尿管合并巨输尿管症的治疗则可能需要根据管腔直径选择折襞术或裁剪成合适管腔后再植输尿管。

3. 并发症的针对性处理：如果患者发生感染，应进行抗感染治疗；合并高血压时，需进行抗压处理；合并肾衰竭时，则可能需要进行尿液引流等措施。这些治疗措施旨在缓解患者的临床症状，提高生活质量。

在治疗过程中，医生会根据患者的具体情况制定个性化的治疗方案。患者也应注意定期复查和随访，以便及时了解病情变化并调整治疗方案。