根据相关法律法规和流程，车辆不在时是否可以注销车牌号需根据具体情况判断，主要分为以下几种情况：

一、车辆丢失或被盗

1. 报案并获取证明

   若车辆被盗或失窃，需先向当地公安机关报案，经立案侦查3-6个月未找到车辆后，可凭公安机关出具的证明文件申请注销。

2. 提交注销材料

   需携带机动车登记证书、行驶证、两块号牌及公安机关出具的车辆灭失证明，到车管所办理注销手续。

二、车辆报废

1. 车辆达到报废标准

   根据《机动车强制报废标准规定》，车辆达到使用年限或存在其他法定报废情形时，需将车辆交售至报废机动车回收拆解企业，由企业完成登记、拆解、销毁等流程，并提供报废证明。

2. 提交完整材料

   需提交登记证书、行驶证、号牌及报废证明至车管所办理注销。

三、经济纠纷或抵押解除

1. 经济纠纷

   若车辆因经济纠纷被法院判决或裁定处置，需先通过法律程序解决纠纷，取得相关文书（如判决书、调解书）后，方可申请注销。

2. 抵押解除

   若车辆抵押已解除，且无其他权属纠纷，可凭解除抵押证明申请注销。

四、其他注意事项

• 未过户车辆注销 ：若车辆未过户，需先处理违章、刊登车辆遗失声明，再办理注销。

• 牌照丢失处理 ：若仅牌照丢失（车辆在），需先补办牌照，再按流程注销。

总结流程示例（车辆丢失且已报案）

1. 报案 ：向公安机关提交车辆失踪证明，立案后等待3-6个月。

2. 获取证明 ：凭公安机关出具的《车辆灭失证明》办理注销。

3. 提交材料 ：携带登记证书、行驶证、号牌及灭失证明至车管所办理注销手续。

建议根据车辆实际情况选择处理方式：若车辆仍在使用，优先补办牌照；若已报废或无法找回，按上述流程办理注销。