深圳异地就医备案通过后生效时间需根据具体情况判断，主要分为以下几种情况：

一、备案生效时间

1. 线上秒批备案

   通过“粤医保”小程序等平台线上提交的备案申请，符合秒批条件的情况下，系统审核通过后 即时生效 ，可立即使用医保直接结算。

2. 人工审核备案

   若申请不符合秒批条件，需等待人工审核，审核结果通常在1-45个工作日内通过短信或APP推送，审核通过后生效。

二、不同参保类型的有效期

1. 长期有效

   • 跨省异地长期居住人员备案长期有效，无需定期更新。

   • 常驻异地工作人员备案同样长期有效。

2. 定期有效

   • 临时异地就医人员（如短期出差、旅游等）备案有效期通常为 6-12个月 ，具体以参保地政策为准。

   • 部分城市（如汕头）可能将临时备案有效期缩短至6个月。

三、注意事项

1. 备案材料时效

   • 临时备案需在入院后3个工作日内提交出院小结、发票等材料，逾期可能影响报销。

   • 长期备案无需定期提交材料，但需确保参保状态正常。

2. 地区政策差异

   • 不同城市对备案有效期、生效时间有具体规定，例如深圳支持跨省备案次日生效，而汕头、南通等地分别为6个月和12个月。

3. 操作建议

   • 通过“粤医保”小程序办理的退休人员、长期居住人员等，建议选择“长期有效”选项。

   • 临时就医人员需关注入院通知中的备案有效期要求，避免超期。

若备案后仍无法直接结算，建议检查统筹区选择是否正确、参保状态是否正常，或咨询当地医保局。