关于住院花费1万元时新农合的报销金额，需根据就诊医疗机构级别和当地医保政策综合计算。以下是详细说明：

一、报销比例标准

1. 乡镇级（村卫生室/乡卫生院）

   报销比例：60%

2. 县级定点医疗机构

   报销比例：65%

3. 二级医院

   报销比例：40%

4. 三级医院

   报销比例：30%

二、起付线标准

• 乡镇级 ：200元

• 县级 ：500元

• 二级医院 ：300元

• 三级医院 ：700元

三、报销限额

• 门诊特殊病种 ：年累计费用超过5000元起，1.8万元内按70%报销

• 手术费用 ：按医疗机构级别不同，1万元手术费用最高报销7000元（如三级医院）

四、具体报销金额计算

以1万元手术费用为例，若在三级医院就诊：

1. 起付线后费用 ：10000元 - 700元 = 9300元

2. 报销金额 ：9300元 × 30% = 2790元

3. 最高报销限额 ：2790元（低于2000元限额）

若在二级医院就诊：

1. 起付线后费用 ：10000元 - 300元 = 9700元

2. 报销金额 ：9700元 × 60% = 5820元

3. 最高报销限额 ：5820元（低于2000元限额）

五、其他注意事项

1. 报销范围限制 ：特殊检查、进口药品等可能不在报销范围内

2. 自费部分 ：包括起付线、超过报销限额的费用及200元/项的药品费

3. 年度累计限额 ：不同地区对年累计医疗费用上限有规定，超过部分需自费

六、示例总结

建议参保人员就医前咨询当地医保部门，确认具体报销细则，以获取准确信息。