​​异常矮小最常见的原因是生长激素缺乏、遗传因素、宫内发育迟缓以及内分泌疾病（如甲状腺功能减退或性早熟）。​​这些因素直接影响骨骼发育和生长速度，其中生长激素缺乏症占比最高，若不及时干预可能导致成年身高不足1.3米。营养不良和心理因素也可能间接导致身材矮小。

生长激素缺乏是矮小症的首要病因，多因垂体或下丘脑异常（如肿瘤、外伤）导致激素分泌不足。这类患儿年生长速率低于4厘米，需通过外源性生长激素治疗才能改善最终身高。遗传因素占身高影响的70%-80%，家族性矮小或体质性青春期延迟会显著限制生长潜力。宫内发育迟缓（出生体重＜2.5公斤）的儿童中，约三分之一成年后身材矮小，可能与胎盘功能异常或母体营养不良有关。

内分泌疾病中，甲状腺功能减退会显著延缓骨龄发育，而性早熟则因性激素加速骨骺闭合，导致生长周期缩短。染色体异常（如特纳综合征）和骨骼发育障碍（如软骨发育不全）也会直接抑制身高增长。值得注意的是，长期营养不良或精神压力过大会通过干扰激素分泌或营养吸收间接影响发育。

若发现儿童身高低于同龄人2个标准差（约5厘米）或年增长不足5厘米，建议尽早就医排查病因。早期干预（如生长激素替代治疗）对改善预后至关重要，但需严格遵循专业医生指导。