合村并居政策被叫停主要有以下几个原因：

1. 侵犯农民利益：一些地方政府在推行合村并居过程中，为了获取土地收入和推高GDP，采取强拆民居的方式，严重侵犯了农民的合法权益。例如，山东省德州市在推行合村并居时，由于财政紧张，不得不靠贷款建社区，并向农民收取建设成本，导致农民搬到社区后生活质量下降，生产生活更加不方便。

2. 违背农民意愿：在合村并居过程中，部分地区没有充分尊重农民的意愿，采取强制手段迫使农民搬迁。例如，一些地方政府在拆迁动员时没有把新的社区建在哪里向群众说清楚，就开始拆迁动员，导致农民对政策的不满。

3. 补偿不合理：农民对房屋拆迁和土地流转等方面的补偿不足，难以保障后续的生活质量。例如，合村并居中很多农民的房子一平米仅有几百元，而搬迁到新房子还要花费十来万甚至更多的费用。

4. 生活成本增加：集中居住后，水、电、气等费用增加，加重了农民的经济负担。农民上楼后，农具农机难以放置，生产不便，生活成本大幅提高。

5. 文化和社会关系破坏：原有乡村文化和邻里关系被破坏，农民对熟悉的生活环境和社交圈子改变感到难以接受。

6. 政策执行问题：一些地方在推行合村并居时缺乏充分的规划和调研，没有考虑到老百姓的实际需求，导致后续政策跟不上，农民房屋被拆后没地方住，只能住临时搭建的板房。

合村并居政策虽然出发点是为了改善农村的生产生活环境，提升农民的生活品质，但由于实际操作中的诸多问题，特别是侵犯农民利益、违背农民意愿等，导致政策被叫停。未来在推进合村并居政策时，需要更加注重科学规划和尊重民意，确保农民的合法权益得到保障。