根据我国社会保险的相关法律规定和政策，合作医疗与职工五险（养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险及住房公积金）在参保资格和资金来源上存在本质差异，具体分析如下：

一、参保资格冲突

1. 制度性质不同

   合作医疗属于 社会医疗保险 ，由个人或集体自愿参保，属于社会保障体系中的医疗保障部分；

   职工五险中的 医疗保险 （即职工医保）是 强制性的社会保险 ，由用人单位和职工共同缴纳，属于社会保障体系的核心组成部分。

2. 参保条件冲突

   合作医疗的参保对象通常为农村居民或特定群体，而职工五险的参保对象为城镇职工。根据《中华人民共和国社会保险法》，同一人不能同时享受两种性质不同的医疗保险。

二、资金来源与待遇差异

• 合作医疗 ：由个人缴费和集体补贴组成，主要用于门诊、住院等医疗费用的报销，无个人账户积累。

• 职工五险 ：由用人单位和职工按比例缴纳，其中医疗保险部分形成个人账户，用于门诊、住院等医疗费用的报销，并享受医保报销比例。

三、政策建议

1. 注销合作医疗

   若已参加职工医保，建议办理合作医疗的注销手续，避免重复参保。注销时需到当地社保经办机构办理终止手续。

2. 保留职工医保

   职工医保具有强制性和全面保障性，建议优先保留。若对职工医保待遇有顾虑，可咨询单位了解缴费比例和待遇水平。

3. 特殊情况处理

   • 若为灵活就业人员，只能参加职工医保和养老保险，无法同时参加其他险种。

   • 已缴纳新农合的职工，建议停缴新农合，保留职工医保。

四、法律依据

《中华人民共和国社会保险法》第二十三条明确规定：“职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。”这表明职工医保的强制性高于合作医疗。

合作医疗与职工五险在参保资格和资金体系上存在不可调和的冲突，建议根据自身情况选择保留其中一种保险，避免重复参保。