当合同金额与实际付款金额不一致时，可按以下步骤处理：

一、确认金额差异原因

1. 合同履行调整

   若存在合同履行过程中的增减项、质量调整或政府定价变动（如原材料价格波动），需以实际履行情况为准。例如，政府指导价调整时，合同金额应随之变更。

2. 违约情形

   若差异源于一方未按约定付款（如金额不足）或不当得利（如多付），需收集证据（如对账函、沟通记录）主张权利。

二、协商解决

• 双方可就金额差异达成补充协议，明确调整后的支付方案。

• 协商应优先进行，成本较低且效率较高。

三、非诉讼解决途径

1. 仲裁

   若合同中有仲裁条款，可向约定的仲裁机构申请仲裁。仲裁程序相对灵活，但需符合仲裁协议约定。

2. 诉讼

   无仲裁协议或协商失败时，可向有管辖权的法院提起诉讼。注意诉讼时效为三年，自权利受损之日起计算。

四、特殊情形处理

• 定金问题 ：若涉及定金，需根据《民法典》第五百八十六条判断是否构成违约或不当得利。

• 政府定价合同 ：按政府价格调整条款执行。

五、注意事项

• 优先保留书面证据，如合同、付款凭证、沟通记录等。

• 金额差异较大时，建议通过仲裁或诉讼及时主张权利，避免长期搁置导致证据灭失。

通过以上步骤，可有效应对合同金额与实际付款的不一致问题。