当合同金额与发票金额不一致时，处理方式需根据具体情况判断，主要分为以下几种情况：

一、发票金额高于合同金额

1. 税务风险

   若发票金额显著高于合同金额，可能涉及偷税漏税问题。根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条，发票金额应与实际交易金额一致，超量开具可能被税务机关查处。

2. 合同条款约定

   若合同中有明确条款允许金额调整（如价格调整条款），则按约定执行。

3. 处理方式

   • 补开发票 ：要求对方补开发票至合同金额；

   • 调整合同 ：签订补充协议明确调整后的金额。

二、发票金额低于合同金额

1. 税务风险

   此情况可能涉及虚开发票，属于违法行为，需承担税务处罚。

2. 合同条款约定

   若合同允许金额调整，可按约定处理；否则可能构成违约。

3. 处理方式

   • 补开发票 ：要求对方补开发票至合同金额；

   • 签订补充协议 ：明确调整后的金额及责任条款。

三、处理原则与建议

1. 以实际金额为准

   民事诉讼中一般以实际交易金额（如合同金额与发票中较高者或更低者中的实际值）作为结算依据。

2. 保留证据

   保存所有交易记录、沟通凭证等，为协商或诉讼提供依据。

3. 协商解决

   双方应优先通过协商达成一致，明确差额原因及处理方式。

4. 法律途径

   若协商失败，可依据合同条款通过仲裁或诉讼解决争议。

四、特殊情况说明

• 发票作废或红冲 ：若发票开具错误，需按《发票管理办法》第二十二条规定作废或开具红字发票冲减后重新开具。

• 保证金条款 ：对外省经营者开具发票需遵守《发票管理办法》第二十四条的保证金规定。

建议遇到此类问题时，及时咨询专业律师，避免因处理不当引发进一步法律风险。