专用发票金额和打款金额不一致的情况，可能由以下原因造成：
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发票记录错误 ：可能是由于数据输入错误或者发票本身的开具错误导致的。
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优惠不计零头 ：开票方（收款方）在优惠时可能不计零头，但不愿意做返利开红票手续。
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虚报报销 ：报销人可能让开票方故意多开发票，以便在报销时虚报。
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销售折让 ：实际支付货款时，与售货方协商少付末尾数款，本质为销售过程中的折让。
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现金折扣 ：因提前偿还应收账款而得到的对方贴现。
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误差 ：对方开错票，发票金额与实际金额出现较小的误差。
针对以上原因，账务处理建议如下：
- 发票金额大于付款金额 ：
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不受影响，按实际付款金额入账。
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如果发票金额大于实际支付金额，且不符合销售折让或现金折扣条件，则应联系财务人员重新开具正确的增值税专用发票。
- 发票金额小于付款金额 ：
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应补足发票。
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如果是因为销售折让导致的，需要按照实际货款金额重新计算增值税，并将发票金额高出实际金额部分的增值税转出。
从管理角度讲，应严格审核采购项目金额，杜绝虚报报销情况的发生，并建立核对机制，及时发现并纠正错误。
建议：
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及时与开票方和收款方沟通，确认发票金额与付款金额不一致的具体原因。
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根据实际情况进行账务处理，必要时重新开具发票或进行其他调整。
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加强内部审计和财务管理，防止类似问题再次发生。
