关于合作医疗中断三年后重新参保的问题，综合相关政策和操作指南，具体处理方式如下：

一、补缴欠费并恢复待遇

1. 补缴流程

   • 材料准备 ：身份证、户口本等身份证明材料。

   • 缴费时间 ：需在当年集中缴费期（通常为前一年的9月至12月）内完成缴费，错过集中期需补缴。

   • 滞纳金与待遇恢复 ：补缴后一般可立即恢复医保待遇，但需注意部分地区可能设置30-90天的等待期。

2. 注意事项

   • 补缴金额可能包含个人缴费部分（如380元）和政府补贴部分（如640元），具体以当地政策为准。

   • 补缴后无法追溯报销中断期间的医疗费用，仅能报销补缴后的医疗费用。

二、直接参加下一年度缴费

1. 操作方式

   • 关注当地社保部门发布的缴费通知，通过银行代扣、支付宝、微信等渠道完成缴费。

   • 缴费成功后，次年1月1日起即可享受医保待遇。

2. 政策差异

   • 不同地区对补缴政策存在差异，例如补缴金额、等待期等，需提前咨询当地医保部门。

三、其他注意事项

• 缴费标准 ：新型农村合作医疗无年龄限制，但缴费金额可能随政策调整，建议通过官方渠道核实。

• 法律保障 ：根据《社会保险法》，断缴后重新参保无需承担过去未缴费期间的医疗费用，但需补缴当年费用。

• 特殊情况处理 ：若出现医疗费用无法报销或社保记录异常，需及时联系当地社保部门处理。

建议优先通过当地医保部门官网或乡镇合管办核实最新政策，避免因信息差异影响参保。