网络药理学的研究步骤通常包含以下核心环节，结合多个权威来源整理如下：
一、数据采集与预处理
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化合物/靶点/疾病数据获取
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使用STITCH、ChEMBL等数据库筛选药物-靶点关联，或通过DisGeNET、OMIM获取疾病相关基因。
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从TCMSP、HIT2等数据库鉴定中药活性成分及靶基因。
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数据清洗与标准化
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去除低置信度互作（如STRING评分<0.7）。
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标准化基因命名（如HUGO Gene Symbol）。
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二、网络构建与可视化
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网络类型划分
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异质网络 ：整合药物、靶点、疾病节点（如Cytoscape的Network Analyzer）。
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单层网络 ：聚焦特定层级（如蛋白互作网络）。
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布局算法选择
- 使用Force-directed布局呈现模块结构，或采用Circular布局突出中心节点。
三、网络分析
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拓扑指标计算
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节点度 ：衡量节点连接强度（如EGFR在癌症网络中的高连接度）。
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介数中心性 ：识别调控枢纽节点（如TP53在信号转导中的桥梁作用）。
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模块性 ：划分功能单元（如代谢通路亚网络）。
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功能富集分析
- 利用DAVID、Metascape进行GO和KEGG富集，构建“药物-靶点-通路-疾病”因果链。
四、机制推演与验证
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分子对接与动力学模拟
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使用AutoDock Vina评估药物与靶点的结合模式（结合能、RMSD等参数）。
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通过分子动力学模拟研究复合物稳定性。
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实验验证
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体外实验（如qPCR/WB验证靶点表达变化）。
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体内实验（如动物模型表型验证）。
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五、关键工具与技巧
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数据库筛选 ：LiP-MS用于药物靶点筛选，GEO用于疾病差异基因分析。
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富集分析工具 ：R语言（如limma）进行差异基因筛选，STRING进行PPI网络构建。
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多维验证策略 ：结合生物样本进行药物-靶点-治疗靶点筛选。
六、研究模式与创新方向
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单一作用靶点分析 ：针对特定靶点进行深度挖掘。
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多基因/多因素综合分析 ：考虑疾病复杂性及药物多靶点机制。
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中药网络药理学 ：逆向思维构建“靶点-成分-中药”网络，如KTC治疗PCOS的研究案例。
以上步骤可根据具体研究需求调整，例如在中药研究中可侧重网络药理学与分子对接的结合。建议优先使用权威数据库（如TCMSP、STRING）并验证关键结果。
