公司交的医保与农村医保存在冲突，具体分析如下：

一、参保资格与覆盖范围冲突

1. 参保资格互斥

   根据《社会保险法》规定，我国实行社保与新型农村合作医疗（即“农村医保”）的参保分离制度。城镇职工（包括公司员工）必须参加职工基本医疗保险（社保中的医保），而农村医保仅限农村户籍人员参保。若已参加职工医保，则无法再参加农村医保，反之亦然。

2. 保障范围差异

   职工医保的保障范围更广，覆盖门诊、住院、重大疾病等，且报销比例较高；农村医保主要覆盖基本医疗保障，报销比例和限额均低于职工医保。

二、医疗费用报销冲突

1. 地域限制

   职工医保与农村医保的报销地域不同。职工医保通常在户籍所在地或参保地使用，而农村医保仅限户籍所在地使用。若在职工医保参保地就医，使用职工医保报销；若回农村就医，则需使用农村医保。

2. 重复报销风险

   若同时参保且未主动停保，当在职工医保参保地就医时，可能因不知情而重复报销。例如，先用农村医保报销后，职工医保可能因“重复就医”被拒付。

三、缴费与待遇享受冲突

1. 缴费标准差异

   职工医保由单位和个人共同缴费，缴费基数和比例相对固定；农村医保则由个人、集体和政府补贴共同承担，且存在地区差异。

2. 待遇享受原则

   由于两种医保的保障层次不同，法律上不允许同时享受。若已参加职工医保，则需停缴农村医保，否则可能面临处罚。

四、特殊情况处理建议

• 已参加职工医保后参加农村医保 ：需主动停缴职工医保，但保留1年缴费记录。

• 已参加农村医保后就业 ：需办理职工医保停缴手续，单位需重新参保。

• 异地就医 ：建议选择职工医保，其异地报销政策更完善。

公司交的医保与农村医保存在本质冲突，需根据户籍和就业状态选择其中一种参保，避免重复参保带来的损失。