肠道功能紊乱通常建议挂消化内科，这是因为消化内科专门诊治食管、胃、小肠、大肠、肝、胆及胰腺等消化系统疾病，对肠道功能紊乱的诊断和治疗经验丰富。
消化内科医生会详细询问病史，包括症状的具体表现、出现频率、加重或缓解因素等，还会进行体格检查。往往还会安排一些检查来辅助诊断，如血常规可判断是否存在感染等血液方面的问题；血生化检查能了解肝功能、血氨等情况，辅助判断病情严重程度；消化系统肿瘤标志物检测可初步筛查消化系统肿瘤；腹部超声、腹部 CT 能排查肝、胆、胰及消化道的器质性病变；内镜检查有助于查看肠道内是否有异常。
部分医院若设有肠道门诊，也可选择就诊。肠道门诊专注于肠道疾病的诊疗，对肠道功能紊乱这类肠道常见问题同样具备专业的诊断和治疗能力。若医院没有消化内科，也可先挂内科号，内科医生会进行初步评估和分诊。
若经消化内科等科室的检查和治疗，排除肠道本身的问题，且发现患者存在如焦虑、抑郁等精神心理因素，可能会转诊至心理医学科。因为精神心理因素是诱发肠道功能紊乱的重要原因之一，心理医学科医生可通过专业的心理评估和干预手段，帮助患者缓解精神压力，改善情绪状态，从而辅助肠道功能紊乱的治疗。
肠道功能紊乱一般首诊选择消化内科或肠道门诊，若存在特殊情况，医生会根据实际病情指导转诊至其他相关科室。
