合作医疗在农村和城镇的缴费金额、保障待遇和管理方式上存在显著差异，具体区别如下：

一、参保对象与管理系统

1. 农村合作医疗

   仅限农村户籍居民参加，由政府组织、集体和政府共同筹资，属于卫生系统管辖。

2. 城镇居民医疗保险

   面向城镇户籍居民（非农业人口），由社保系统管辖，需个人缴费并享受政府补贴。

二、缴费标准与金额

• 农村合作医疗 ：年缴费用通常为几十元（如500元左右），具体金额因地区政策而异。

• 城镇居民医疗保险 ：缴费金额相对较高，通常每年需缴纳千元以上，具体标准由地方政府规定。

三、报销比例与待遇

1. 报销比例

   • 城镇居民医保：门诊报销比例约为85%，住院报销比例更高。

   • 农村合作医疗：报销比例普遍低于城镇居民医保，且存在年度封顶线，门诊报销比例通常在10%-80%之间。

2. 待遇差异

   城镇居民医保的门诊和住院待遇更优，而农村合作医疗主要侧重住院补偿，门诊保障有限。

四、其他区别

• 缴费方式 ：城镇职工医保由单位和个人共同缴纳，城乡居民医保（原新农合）完全由个人缴费。

• 保障期限 ：城乡居民医保缴费年限满15年后可终身享受，而新型农村合作医疗通常为1年一缴。

• 门诊累计机制 ：城镇居民医保的门诊费用可累计结转下年使用，新农合则无此功能。

总结

农村合作医疗与城镇居民医疗保险在覆盖人群、缴费标准、报销比例等方面存在本质差异。若需提高医疗保障水平，农村居民可选择参加城乡居民基本养老保险和医疗保险（统称“城乡医保”），但待遇仍低于城镇职工社保。建议根据户籍类型和医疗保障需求，结合当地政策选择合适的保险类型。