新农合住院是否收取门槛费（即起付线）取决于当地政策、医疗机构级别及患者身份，具体规定如下：

一、门槛费的基本概念

门槛费是新型农村合作医疗（新农合）的起付线标准，指医保开始报销的最低费用门槛。患者自付费用超过该金额后，医保按比例报销。

二、不同级别医院的起付线标准

1. 乡级卫生院

   通常为100-200元，部分地区可能更低。

2. 县级医疗机构

   起付线一般为300-500元。

3. 市级及以上医院

   起付线通常在800-1500元之间，部分城市可能更高。

三、特殊群体政策

1. 五保户、低保户

   首次住院免收门槛费，具体政策因地区而异，建议咨询当地医保部门。

2. 乡村医生服务

   乡村医生提供的基本医疗服务费用由新农合全额报销，无门槛费。

四、其他注意事项

• 年度起付线 ：部分城市（如市三级医院）对同一医院年内第二次住院的起付线减半。

• 报销比例 ：超过起付线后，医保报销比例根据医疗机构级别不同而有所差异，一般在50%-80%之间。

五、政策差异说明

不同地区的起付线标准存在差异，例如：

• 安徽省市三级医院起付线为800元，省内转诊起付线2000元，省外2500元；

• 成都乡村医生服务无门槛费。

建议参保人员就医前咨询当地医保部门或医院医保办，以获取最新、最准确的政策信息。