上皮样囊肿是一种良性的肿瘤，通常需要通过手术切除来彻底治愈。药物治疗一般不能起到根本性的消除作用，特别是在囊肿较大或者症状明显时，手术切除是主要的治疗方法。
在某些情况下，药物可以作为辅助治疗手段使用，特别是当囊肿伴有感染时。例如，对于伴有细菌感染的上皮样囊肿患者，可能会使用抗生素进行抗感染治疗。常用的抗生素包括头孢呋辛酯、阿莫西林等。如果囊肿并发炎症反应，非甾体消炎药如布洛芬或萘普生也可能被用来减轻炎症和相关不适。
在特定的情况下，医生可能会建议局部应用抗生素软膏，比如莫匹罗星软膏或复方多粘菌素B软膏，以控制皮肤表面的细菌感染。如果囊肿存在明显的炎性病变，可能需要在皮损内注射糖皮质激素类药物，如曲安奈德，以帮助减轻炎症并防止感染。
值得注意的是，中药外敷也是一种传统中医治疗方法，可选用具有清热解毒功效的中药材配制成贴剂或散敷于患处，用于缓解炎症和促进自我修复。但这些方法主要用于缓解症状，并不意味着能够根治上皮样囊肿。
对于一些特殊情况，如颅内的上皮样囊肿，可能还需要神经调节药物以及营养神经的药物辅助治疗，尤其是在出现神经系统并发症的情况下。
虽然药物可以在一定程度上缓解上皮样囊肿的症状或伴随的感染情况，但对于大多数上皮样囊肿来说，最有效的治疗方法仍然是手术切除。如果考虑采用药物治疗，必须在专业医生的指导下进行，并且要定期复查以监测病情变化。任何自行用药的行为都是不可取的，因为这可能导致延误最佳治疗时机或引发不必要的副作用。针对上皮样囊肿的具体治疗方案应由医生根据患者的实际情况制定。
