疾控中心的管理归属需要根据其层级和职能进行具体分析，主要分为以下情况：
一、中国疾病预防控制中心（国家级）
中国疾病预防控制中心（China CDC）是国家级疾病预防控制机构，属于 中华人民共和国国家卫生健康委员会（原国家卫生计生委） 的直属事业单位。其职能涵盖国家级疾病预防控制、公共卫生技术管理及科研服务，但不具备执法权。
二、地方疾控中心
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管理主体
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市县级疾控中心通常由 同级卫生健康委员会 直接管理，属于其下属的 公益一类事业单位 。
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部分地区（如北京）的疾控中心可能直接隶属于北京市卫生健康委。
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职能定位
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负责本行政区域内的疾病预防、监测、控制及公共卫生技术管理。
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执行国家级疾控局的政策和指导，开展具体防控项目（如疫苗接种、疫情监测等）。
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三、与卫生局的关系
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传统观念中，疾控中心曾属卫生局管理，但自2019年机构改革后，疾控局（原卫生局下属的疾控局）与疾控中心已实现 职能分离 ，疾控中心不再隶属于卫生局。
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两者在疾病预防控制体系中形成互补：疾控局负责政策制定和宏观管理，疾控中心负责具体执行和技术服务。
四、人员管理
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大部分疾控中心为 全额事业编制 ，少数地区参照公务员管理。
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不同层级疾控中心在人员晋升、薪酬待遇等方面存在差异，但均不纳入公务员体系。
总结
疾控中心的管理架构呈现“分级负责、条块结合”的特点：国家级机构直接隶属于国家卫健委，地方机构则由同级卫健委管理，同时接受上级疾控局的业务指导。这种设置既保证了疾控工作的专业性，又兼顾了行政效率。
