小儿肠吸收不良综合征的治疗效果与多种因素有关，总体来说，多数患儿经过及时正规治疗预后良好，是相对好治的。

病因角度

• 若是由感染性慢性腹泻病和继发性乳糖不耐受等常见病因引起，在积极治疗原发病、调整饮食后，症状通常能得到较好控制。例如，针对继发性乳糖不耐受，通过限制乳糖摄入，或使用乳糖酶等，腹泻等吸收不良症状可缓解。
• 对于一些先天性因素导致的，如先天性葡萄糖、半乳糖吸收不良者，通过给予不含糖的豆奶，另加适量果糖喂养，随着年龄增长，部分患儿吸收功能可有所恢复。

病情严重程度角度

• 症状较轻、发现较早、没有严重并发症的患儿，通过及时去除病因、补充营养、纠正水和电解质紊乱等综合治疗，一般恢复较好。
• 病情较重、出现了脱水、酸中毒、蛋白质热能营养障碍、贫血等并发症，或病程迁延不愈导致严重营养不良的患儿，治疗相对复杂，需要更长时间的综合治疗和营养支持，不过多数患儿在积极治疗后也能逐渐改善病情。

治疗依从性角度

• 家长能积极配合医生，严格按照医嘱进行饮食管理、按时给患儿服药、定期带患儿复查的，治疗效果通常较好。例如，家长能准确找出患儿不耐受的食物并严格避免其摄入，保证患儿摄入足够的热量、蛋白质等营养物质。
• 若家长未能严格遵守医嘱，如未合理调整患儿饮食，可能导致病情反复，影响治疗效果。

但如果病情严重且未及时治疗，可因继发感染或水、电解质平衡紊乱至脏器功能衰竭而死亡。一旦怀疑孩子有肠吸收不良综合征，应及时带孩子到正规医院的儿科或儿童专科医院就诊，进行规范的诊断和治疗。