肠球菌肺炎的治疗难度因多种因素而异，总体来说，多数患者通过规范治疗可治愈，但部分病情严重或存在特殊情况的患者治疗难度较大，具体如下：
- 感染程度：感染范围小、病情轻的患者，如仅出现轻微咳嗽、低热，肺部影像学检查显示炎症局限，在及时使用敏感抗生素治疗后，治愈可能性大。而感染严重的患者，如出现高热不退、大量脓痰、呼吸困难，甚至感染性休克、呼吸衰竭等并发症，治疗难度会显著增加。
- 患者自身状况：身体状况好、免疫力正常的患者，对治疗的反应较好，治愈相对容易。但老年人，以及合并恶性肿瘤、糖尿病、心肺基础疾病等的患者，身体抵抗力差，不仅容易发生肠球菌肺炎，且在治疗过程中可能因基础疾病的影响，导致治疗效果不佳，预后较差。
- 抗生素使用：肠球菌容易产生耐药性，因此选择敏感的抗生素是治疗的关键。在治疗前，需要通过病原菌培养和药敏试验来确定有效的抗生素。如果患者感染的肠球菌对常用抗生素敏感，如青霉素、头孢菌素等，治疗效果通常较好。但如果是耐万古霉素肠球菌等耐药菌感染，可供选择的药物有限，治疗会比较棘手。
单纯肠球菌肺炎经用敏感抗生素治疗，一般预后良好。但如果抗生素使用不当，可引起败血症，预后通常不良，甚至危及患者生命。
