新生儿衣原体感染的治疗主要以药物治疗为主，具体药物选择和用法如下：

首选药物

1. 1.红霉素：用法：口服或静脉滴注。口服剂量为50mg/(kg/d)，分2-4次服用，疗程为2周特点：红霉素是治疗衣原体感染的传统药物，对衣原体有较好的抗菌效果
2. 2.阿奇霉素：用法：口服或静脉滴注。口服剂量为10mg/(kg/d)，每天一次，连用3天，间隔3-4天后可进行第二个疗程，总疗程2-4周不等特点：阿奇霉素比红霉素吸收好，半衰期长，胃肠道副作用较少

次选药物

1.

阿莫西林：
• 用法：如果新生儿不能耐受红霉素，可以选择阿莫西林，剂量为0.5g，每天3次，疗程为10天
• 特点：阿莫西林对衣原体也有一定的抗菌效果，但不如红霉素和阿奇霉素常用

2.

四环素类药物：
• 用法：如盐酸多西环素口服液，具体剂量需在医生指导下使用
• 特点：四环素类药物对衣原体有较好的抗菌效果，但新生儿使用需谨慎，通常作为二线选择

局部用药

• 结膜炎治疗：可以使用0.1%利福平、0.3%氟哌酸眼药水滴眼，或0.5%红霉素眼膏，每天1-2次

其他治疗措施

• 对症治疗：针对发热、咳嗽等症状，可以采取相应的对症治疗措施，如使用退热药、祛痰剂等
• 眼部护理：对于眼部感染，医护人员会对患儿的眼部进行护理，使用眼药水或眼膏来预防和治疗

注意事项

• 遵医嘱用药：新生儿衣原体感染的治疗应在医生的指导下进行，家长应严格按照医嘱给患儿用药，并注意观察患儿的病情变化
• 保持良好卫生习惯：家长应注意保持良好的卫生习惯，减少交叉感染的风险

新生儿衣原体感染的首选药物是红霉素和阿奇霉素，具体用药需根据患儿的具体情况和医生的建议来决定。