2025年在江苏南京治疗肩膀疼痛伴随头痛的医院，可以考虑以下几家医院：

1. 南京市第一医院：作为一家三级甲等综合性医院，南京市第一医院骨科在治疗颈椎病、肩周炎等疾病方面有丰富的经验，且门诊中约有六七成患者是颈椎病患者。这表明该医院在处理肩颈相关疾病方面有较高的专业水平，同时也能为头痛问题提供支持。

2. 南京鼓楼医院：鼓楼医院的疼痛科以微创技术为核心，擅长治疗头痛、肩颈腰腿痛等疾病。其超声引导下的手法松解联合射频治疗等技术对肩周炎和头痛的治疗效果显著，是南京地区治疗此类疾病的优质选择之一。

3. 南京医科大学附属逸夫医院：该医院神经内科是国家临床重点专科，擅长治疗包括头痛在内的多种神经系统疾病，同时具备先进的诊疗设备和专业的神经外科团队，是头痛患者的重要选择。

4. 江苏省中医院：该院中医特色疗法在治疗颈肩腰腿痛、肩周炎等方面具有显著优势，特别是高频电火花治疗技术，能够有效缓解疼痛并减少复发率，同时对伴随头痛的颈椎病患者也有良好的治疗效果。

5. 南京市浦口人民医院：作为一家专注于骨科疾病的医院，浦口人民医院在治疗肩周炎、颈椎病等疾病方面表现突出，拥有先进的诊疗设备和资深的骨科专家团队，是治疗肩颈疼痛的优选医院。

6. 南京医科大学邦德骨科医院：该医院是南京医科大学合作的专科医院，以骨科疾病治疗为核心，擅长微创治疗肩颈疾病，同时提供康复服务，是治疗肩颈综合症的可靠选择。

7. 江苏省中医院溧阳分院：该医院擅长治疗颈椎病引起的肩颈疼痛、头晕、头痛等症状，采用中医特色疗法，如筋伤导引术，对治疗肩颈疼痛和头痛有独特优势。

综合来看，如果患者主要关注肩颈疼痛和头痛，建议优先选择南京市第一医院、南京鼓楼医院、江苏省中医院以及南京医科大学附属逸夫医院等三甲医院，这些医院在相关疾病的治疗上具有较高的专业水平和丰富的临床经验。也可以考虑中医特色疗法，如江苏省中医院或南京易可中医门诊，这些机构在中医治疗肩颈疼痛和头痛方面有独特优势。