汉坦病毒肺综合征目前尚缺少特异性治疗方法，现行治疗均属支持治疗，特别是呼吸循环支持，以缓解症状和控制病情发展。以下是一些主要的治疗措施：
- 一般治疗：由于本病进展迅速、病死率高，应加强监护，密切观察呼吸、心率和血压变化，监测血氧饱和度。患者应严密隔离，有条件的医院应将患者安置在负压病房。
- 对症治疗
- 抗休克、纠正酸中毒：低血压休克患者，应及时补充血容量，经扩容后血压仍不能维持者可应用血管活性药物，可根据患者情况选用多巴胺、多巴酚丁胺、去甲肾上腺素或间羟胺等。同时要根据血气分析的相关指标，纠正酸中毒。
- 氧疗：可早期给予氧疗，如鼻导管或面罩吸氧。如果在吸氧的情况下，吸氧流量≥5L/min（或吸入氧浓度≥40%）条件下，SpO₂＜93%，或经充分氧疗后，患者呼吸困难不能缓解，SpO₂虽能维持在 93%，但呼吸频率仍在 30 次 / 分或以上，呼吸负荷仍保持在较高水平，均应及时考虑人工通气，进行呼气末正压呼吸。如果无创正压通气 2 小时仍没达到预期效果，要及时考虑改为有创通气，直至临床症状好转。对伴有严重心肺功能衰竭的患者还可进行体外膜氧合（ECMO）治疗。
- 药物治疗：对早期患者，可试用利巴韦林静脉滴注，进入心肺期后此药无效。在等待确诊期间，还可给予广谱抗生素、镇痛和解热药物治疗。
汉坦病毒肺综合征病情凶险，进展迅速，病死率较高，患者需在重症监护病房接受治疗。如果出现疑似症状，应及时就医，并告知医生可能感染了汉坦病毒。
