琼州海峡不填平的原因主要有以下几个方面：

技术挑战

• 地质条件复杂：琼州海峡位于雷琼地震带上，地质状况复杂，水深、风大、浪高，施工难度和风险都非常大。
• 通风问题：如果修建海底隧道，需要隔段距离设置通风井，投资巨大且安全隐患多，目前我国在如此长度的隧道通风技术领域还不成熟。

环境保护

• 保护海南岛的原生态：海南岛拥有全国最好的生态环境，如果琼州海峡通了海底隧道，将大大超过海南岛的环境承载力，生态环境将遭到破坏。
• 生物多样性影响：填海造陆可能对海峡内的生物和自然资源造成重大影响，填海造陆对于环境的影响可能远远大于对经济的刺激。

经济成本

• 建设成本高昂：琼州海峡隧道是一个世纪工程，工程成本高昂，十多年前的工程预算费用就超过1500亿人民币，现在的预算起码超过2000亿人民币。
• 利用率低下：海南岛旅游季节性极强，平时船只停放码头，利用率不高，投入产出比低。

战略与政策考量

• 战略意义：琼州海峡不仅是国际航运通道，还涉及国防安全和国家战略布局，跨海大桥的建设需要在综合评估其战略意义、经济可行性、技术可行性以及环境影响后才能决定。

交通运输需求

• 现有运输方式的有效性：目前通过轮渡的方式虽然效率不高，但能够满足大部分人员和车辆的出行需求。如果建设跨海大桥或隧道，可能会对现有的运输方式造成冲击。

琼州海峡不填平的原因涉及技术、环境、经济、战略和交通运输等多个方面。在目前的技术和经济条件下，选择不填平琼州海峡，而是通过建设跨海大桥或隧道来改善交通状况，是一个更为合理和可行的方案。