肝-甲状腺综合征的病因主要涉及自身免疫异常、遗传因素及外部诱因等，具体可分为以下方面：
一、核心病因
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自身免疫异常
免疫系统异常导致产生针对甲状腺和肝脏的自身抗体（如抗甲状腺抗体、抗肝抗体），引发两器官的免疫性损伤。该机制是多数患者的核心病因。 -
遗传因素
家族中有甲状腺或自身免疫性疾病史的人群患病风险较高，遗传易感性在发病中起重要作用。 -
病毒感染
乙型肝炎病毒（HBV）、丙型肝炎病毒（HCV）等感染可能诱发肝脏炎症，进而累及甲状腺功能。
二、外部诱因
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药物或毒素暴露
长期使用抗甲状腺药物、抗癫痫药物，或接触重金属、有机溶剂等有害物质，可能损害肝脏和甲状腺。 -
环境因素
长期处于压力状态、不良生活习惯（如疲劳）可降低免疫力，促使自身免疫反应发生。 -
其他免疫相关疾病
部分患者合并其他自身免疫性疾病（如类风湿性关节炎、系统性红斑狼疮），提示全身性免疫紊乱的影响。
三、病理特征
- 肝脏：表现为纤维化、淋巴细胞浸润，可能出现肝脾肿大、门脉高压样症状。
- 甲状腺：常见弥漫性或局灶性甲状腺炎性改变，如甲状腺肿大、结节。
注：该综合征需排除甲状腺疾病继发的肝损害或肝病引起的甲状腺功能异常。
